1. DIREKTORAT ZA POMORSKU I UNUTRAŠNJU PLOVIDBU 

1.1. Direkcija za sigurnost i bezbjednost plovidbe i zaštitu od zagađenja sa plovnih objekata

1.2. Direkcija za inspekcijski nadzor nad stranim plovnim objektima i njihovim posadama

1.3. Područna jedinica – Lučka kapetanija Bar

1.4. Područna jedinica – Lučka kapetanija Kotor

2. DIREKTORAT ZA POMORSKU PRIVREDU, POMORCE I USKLAĐIVANJE PROPISA 

2.1. Direkcija za brodarsku i lučku djelatnost 

2.2. Direkcija za pomorce, međunarodnu saradnju i usklađivanje propisa

3. ODJELJENJE ZA KAPITALNE PROJEKTE I MEĐUNARODNU SARADNJU

4. KABINET

5. ODJELJENJE ZA UNUTRAŠNJU REVIZIJU

6. SLUŽBA ZA RAČUNOVODSTVO, FINANSIJE I JAVNE NABAVKE

7. SLUŽBA ZA OPŠTE POSLOVE I LJUDSKE RESURSE