Osnovna misija Uprave za ugljovodnike je stvaranje uslova za održivo i kvalitetno upravljanje ugljovodoničnim resursom.

Stvaranje uslova za kvalitetno upravljanje resursima nafte i gasa postiže se kroz aktivnosti kao što su: sprovođenje postupaka za dodjelu ugovora o koncesiji za istraživanje i ugovora o koncesiji za proizvodnju ugljovodonika; nadzor nad izvršenjem ugovora o koncesiji od strane koncesionara; obračun koncesione naknade; priprema propisa za istraživanje i proizvodnju ugljovodonika; vršenje upravnih i stručnih poslova is oblasti ugljovodonika.

Glavni ciljevi Uprave za ugljovodnike su: praćenje ugovora o koncesiji, upravljanje ugljovodoničnim resursima i upravljanje geološkim i geofizičkim podacima.