Odjeljenje za integritet vrši poslove koji se odnose na izradu Plana integriteta ministarstva i praćenje njegove implementacije, prikupljanje i analizu podataka o mogućim rizicima od korupcije, konflikta interesa, neetičkog ponašanja službenika i drugih srodnih radnji, kao i analize rizika, predlaganje mjera za unapređenje itegriteta u sektoru saobraćaja i pomorstva.