U Fitosanitarnom sektoru se vrše stručni i upravni poslovi iz nadležnosti Uprave utvrđene zakonima iz oblasti zdravstvene zaštite bilja, sredstava za zaštitu bilja, sredstava za ishranu bilja, sprječavanja zloupotrebe droga, sjemenskog materijala, sadnog materijala, GMO, zaštite biljnih sorti, biljnih genetskih resursa, bezbjednosti hrane, organizuje i sprovodi službene kontrole/inspekcijski nadzor u skladu sa ovlašćenjima utvrđenim ovim i drugim zakonima.