U okviru procesa uspostavljanja decentralizovanog sistema upravljanja (DIS), prema Regulativi o sprovođenju IPA-e, neophodno je definisati i uspostaviti i operativnu strukturu za komponentu prekogranične saradnje (II IPA komponenta). Na taj način i u Crnoj Gori je, prema zaključku Vlade, od 22. januara 2009. godine, definisano da operativnu strukturu za II IPA komponentu čine: Sektor za programe prekogranične saradnje Ministarstva za evropske integracije i Sektor za finansiranje i ugovaranje sredstava EU pomoći (CFCU) Ministarstva finansija. Međutim, Direktorat za proširenje Evropske komisije (DG ELARG), u cilju davanja smjernica za uspostavljanje operativne strukture za II IPA komponentu, u martu 2010. godine, je dostavio dokument koji sadrži mišljenje Evropske komisije na koji način bi trebalo definisati ovu strukturu, u svim zemljama korisnicama programa prekogranične saradnje, na bilateralnom nivou.