U Odjeljenju za unutrašnju reviziju obavljaju se poslovi revizije koji se odnose na: operativno planiranje, organizovanje i obavljanje unutrašnje reviziji svih poslovnih funkcija iz nadležnosti Ministarstva u skladu sa Međunarodnim standardima unutrašnje revizije i Etičkim kodeksom unutrašnjih revizora, a u cilju poboljšanja poslovanja; procjenu sistema finansijskog upravljanja i kontrolu na osnovu upravljanja rizicima; izradu izvještaja unutrašnje revizije koje dostavlja ministru i odgovornom licu organizacione jedinice kod koje je obavljena revizija; obavljanje posebne revizije na zahtjev ministra i revizije korišćenja sredstava Evropske unije; praćenje sprovođenja preporuka datih u izvještajima iz prethodno obavljenih revizija; davanje savjeta i stručnih mišljenja kada se uvode novi sistemi i procedure; izradu strateškog i operativnih planova i programa rada koji su osnova za realizaciju funkcije unutrašnje revizije kao i praćenje i izvršenje istih; izradu periodičnih i godišnjeg izvještaja o radu unutrašnje revizije; saradnju sa Direktoratom za centralnu harmonizaciju finansijskog upravljanja i kontrole i unutrašnje revizije u javnom sektoru Ministarstva finansija, što uključuje i obavezu dostavljanja godišnjeg izvještaja; saradnju sa Državnom revizorskom institucijom, međunarodnim i domaćim strukovnim institucijama i udruženjima; praćenje i predlaganje edukacije unutrašnjih revizora u skladu sa međunarodnim standardima unutrašnje revizije; praćenje sprovođenja preporuka Državne revizorske institucije, kao i druge poslove u skladu sa propisima.