Akcionim planom za sprovođenje programa borbe protiv korupcije i organizovanog kriminala koji je usvojila Vlada Crne Gore na sjednici od 24. avgusta 2006 godine, Uprava carina je imala obavezu da u okviru mjere "Sprječavanje korupcije u carinskoj službi" intenzivira aktivnosti na jačanju Odjeljenja za unutrašnju kontrolu putem izrade Pravilnika o radu Odjeljenja za unutrašnju kontrolu. S tim u vezi, Odjeljenje za unutrašnju kontrolu je, u saradnji sa stručnim savjetnikom iz oblasti unutrašnji poslovi/profesionalni standardi EU CAFAO Misije u Crnoj Gori, rukovodeći se članom 19 Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji, izradilo Pravilnik o radu Odjeljenja za unutrašnju kontrolu kojim se bliže uređuje djelokrug rada, funkcije i ovlašćenja, kao i specifičnosti u načinu rada, pravima, obavezama i odgovornostima službenika Odjeljenja za unutrašnju kontrolu. Pravilnik je u potpunosti prilagođen preporukama i standardima Evropske unije datim od strane CAFAO Misije u Crnoj Gori. Pravilnik je objavljen na Oglasnoj tabli Uprave carina 18. 02. 2008 godine i isti stupa na snagu osmog dana od dana objavljivanja.