Uprava za željeznice se sastoji od 3 organizacione jedinice (odjeljenja) i posebna unutrašnja organizaciona jedinica (služba) i to su:
- Odjeljenje za bezbjednost i interoperabilnost željeznice,željezničku infrastrukturu , intermodalni transport i žičare.
- Odjeljenje
za regulisanje željezničkog tržišta, licence i prava putnika.
- Služba za finansijske, kadrovske i opšte poslove.