U Sektoru za upravljanje lukama – vrše se poslovi koji se odnose na: luke od nacionalnog značaja; brigu o izgradnji, rekonstrukciji, održavanju, upravljanju, zaštiti i unapređenju luka; nadzor nad korišćenjem luka, pružanjem lučkih usluga i obavljanjem ostalih djelatnosti u lukama; kontrolu nad izgradnjom, rekonstrukcijom, održavanjem i zaštitom lučke infrastrukture i suprastrukture; obezbjeđenje uslova za obavljanje pomorskog saobraćaja i lučkih usluga u lukama i na sidrištima luka; primjenu domaćih propisa, međunarodnih sporazuma i standarda koji se odnose na luke; pripremu planova razvoja luka koje donosi Vlada; obezbjeđenje poslovanja luka u skladu sa tržišnim principima; pripremu kriterijuma za utvrđivanje visine naknade za korišćenje lučke infrastrukture; pripremu koncesionog akta, učestvovanje u postupku za dodjelu koncesije i zaključivanje ugovora o koncesiji; odobravanje iznosa naknade za lučke usluge na osnovu maksimalno utvrđenog iznosa ove naknade; kontrolu izvršavanja ugovora o koncesiji; regulaciju i koordinaciju odnosa i aktivnosti između koncesionara; vođenje registra koncesija; obezbjeđenje ispunjavanja uslova utvrđenih međunarodnim i domaćim propisima kojima se reguliše sprečavanje zagađivanja životne sredine sa brodova, zaštita morske sredine i priobalnog područja i civilna odgovornost za štetu izazvanu zagađenjem; kao i druge poslove koji su joj određeni u nadležnost.