1. ДИРЕКТОРАТ ЗА ПОМОРСКУ И УНУТРАШЊУ ПЛОВИДБУ 

1.1. Дирекција за сигурност и безбједност пловидбе и заштиту од загађења са пловних објеката

1.2. Дирекција за инспекцијски надзор над страним пловним објектима и њиховим посадама

1.3. Подручна јединица – Лучка капетанија Бар

1.4. Подручна јединица – Лучка капетанија Котор

2. ДИРЕКТОРАТ ЗА ПОМОРСКУ ПРИВРЕДУ, ПОМОРЦЕ И УСКЛАЂИВАЊЕ ПРОПИСА 

2.1. Дирекција за бродарску и лучку дјелатност 

2.2. Дирекција за поморце, међународну сарадњу и усклађивање прописа

3. ОДЈЕЉЕЊЕ ЗА КАПИТАЛНЕ ПРОЈЕКТЕ И МЕЂУНАРОДНУ САРАДЊУ

4. КАБИНЕТ

5. ОДЈЕЉЕЊЕ ЗА УНУТРАШЊУ РЕВИЗИЈУ

6. СЛУЖБА ЗА РАЧУНОВОДСТВО, ФИНАНСИЈЕ И ЈАВНЕ НАБАВКЕ

7. СЛУЖБА ЗА ОПШТЕ ПОСЛОВЕ И ЉУДСКЕ РЕСУРСЕ