Одјељење за интегритет врши послове који се односе на израду Плана интегритета министарства и праћење његове имплементације, прикупљање и анализу података о могућим ризицима од корупције, конфликта интереса, неетичког понашања службеника и других сродних радњи, као и анализе ризика, предлагање мјера за унапређење итегритета у сектору саобраћаја и поморства.