У Фитосанитарном сектору се врше стручни и управни послови из надлежности Управе утврђене законима из области здравствене заштите биља, средстава за заштиту биља, средстава за исхрану биља, спрјечавања злоупотребе дрога, сјеменског материјала, садног материјала, ГМО, заштите биљних сорти, биљних генетских ресурса, безбједности хране, организује и спроводи службене контроле/инспекцијски надзор у складу са овлашћењима утврђеним овим и другим законима.